Lohnstorf wurde im Jahre 1148 als "Lonestorf" erstmals schriftlich in einer sogenannten Bulle des Papstes Eugen III erwähnt. Mit seiner Unterschrift bestätigte der Papst, dass "Lonestorf", zusammen mit dreissig weiteren Orten, wie z. B. Toffen, Kaufdorf oder Riggisberg, zum Besitztum des Klosters Rüeggisberg gehörte.

Vor dem 20. Jahrhundert herrschten im ganzen Gürbetal vorwiegend ärmliche Verhältnisse. Neben einzelnen wohlhabenden Familien auf währschaften Höfen, gab es viele Arme, die ihren kargen Lohn als Taglöhner bei eben diesen Bauern verdienen mussten.

In der Nacht auf den 10. November 1904 verwüstete ein Grossbrand in Lohnstorf sieben Gebäude, hauptsächlich Bauernhäuser. Die Dächer waren damals mit Holzschindeln gedeckt, und der starke Südwestwind in jener Novembernacht vergrösserte das Ausmass der Katastrophe .

Nach der Gewässerkorrektion der Gürbe brachte der Bau der Gürbetalbahn dem ganzen Tal einen nennenswerten wirtschaftlichen Fortschritt. 1901 wurde die Strecke Bern-Burgistein eröffnet, und zwei Jahre später der Restabschnitt Burgistein-Thun.

Heute leben in der kleinen Landgemeinde rund 230 Einwohner. Ein Drittel davon ist in der Landwirtschaft tätig. Die übrigen Erwerbstätigen pendeln vorwiegend nach Bern und teilweise nach Thun.